「オープンバイオ講習会」 東京大学医科学研究所 ヒトゲノム解析センター

9月25日に東大医科学研究所ヒトゲノム解析センターで開催された講習会で講習をしてきました。
「配列解析」を担当しました。

日時：2008年9月25日（木）13:00〜17:30
会場：東京大学 医科学研究所 ヒトゲノム解析センター 3階講習会室
定員：30名（事前申込者を優先、空席があれば当日参加も可能）
参加費：無料
内容：
　13:00-14:00 配列解析
　14:10-15:10 バクテリアゲノム解析
　15:20-16:20 マイクロアレイ解析
　16:30-17:30 遺伝子ネットワーク解析
講師：(敬称略順不同)
　荒川 和晴(慶應義塾大学 先端生命科学研究所)
　中尾 光輝(かずさDNA研究所)
　二階堂 愛(理化学研究所)
　片山 俊明(東京大学 医科学研究所 ヒトゲノム解析センター)
概要：
書籍「オープンソースで学ぶバイオインフォマティクス」（オープンバイオ
研究会編; 東京電機大学出版局）の内容をベースに、KNOB (Knoppix for Bio)
を使って EMBOSS、G-language、BioConductor、BioPerl、BioRuby などのソ
フトウェアを活用したバイオインフォマティクス解析の実習を行います。
　KNOB http://knob.sourceforge.jp/
　EMBOSS http://emboss.org/
　G-language http://g-language.org/
　BioConductor http://bioconductor.org/
　BioPerl http://bioperl.org/
　BioRuby http://bioruby.org/

オープンソースで学ぶバイオインフォマティクス

「オープンソースで学ぶバイオインフォマティクス」サポートサイト

まとめ

• Keep
  • 講習会はつづけていきたいです。機会があればどこでも行きます。
  • /home/knoppix/book 以下に中間ファイル、結果ファイル、スクリプトが一式あるので、講義がさくさくすすむ。
  • 講習の中継 Ustream。
• Problem
  • tfextract が 環境変数の問題で動かなかった。
  • RefSeq のフォーマットが更新していて entret や seqret の返り値が想定外になっていた。
  • ハンズオンセミナーの進行の雰囲気がつかめていない。
  • 中継用機材（TwinPact100）のACアダプタを忘れて、スクリーンの中継ができなかった。
• Try
  • すべてのスクリプトを事前に実環境で動作確認する。
  • EMBOSSを更新する。というか KNOB 更新待ち。
  • 入力時間をもうすこし余裕をもつ。
  • 持ち物チェック、もしくは持ち出す機材をまとめておく。