2006-01-01から1年間の記事一覧
2006/12/18-20 に横浜で開催された GIW2006 にて第５回オープンバイオ研究会を開催しました．今回は，第３回でおこなったオープンスペース形式再びです． http://open-bio.jp/hiki.cgi?meeting5 http://open-bio.sourceforge.jp/?meeting5-openspace-log 今…
12/06から12/08まで名古屋で開催されていた分子生物学会2006フォーラムに参加してきました． http://www.aeplan.co.jp/mbsj2006forum/ 一般演題（ポスター）番号： "1P-035" 発表日： "12月6日（水）" 発表場所： "ポスター・展示会場1（1号館1階イベントホ…
Nakao_et_al_2005を引用しているのをWeb of Scienceで発見。 doi:10.1016/j.bbapap.2006.11.011 PMID:17223395 http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B73DJ-4MG0653-3&_user=10&_coverDate=02%2F28%2F2007&_rdoc=1&_fmt=&_orig=search&…
Imanishi et al., 2004のデータにもとづく共著者の論文がでました。NARのデータベース特集号に掲載されます。 Abstract Full Text Print PDF Screen PDF PMID:17130147 Volume 35 Issue suppl_1 | Nucleic Acids Research | Oxford Academic http://jbirc.jb…
タイトル：ActiveRecord によるバイオデータベースモデリング：UniProtとGO DatabaseとGFFの場合 http://open-bio.sourceforge.jp/hiki.cgi?meeting4-slides http://open-bio.sourceforge.jp/archive/20061031_OB4/OB4-ActiveRecord-Nakao.pdf http://open-b…
2006/08/07-10 にブラジルのフォルタレーザで開催された 14th Annual International Conference On Intelligent System For Molecular Biology (ISMB2006) に参加してきました． Index of /
ライトニングトークで発表してきました．(あとで書く)
2006/08/04-05 にブラジルのフォルタレザで開催された BOSC2006 に参加してきました．BOSC2006 は ISMB2006 の SIG として開催されました． BOSC 2006 - Open Bioinformatics Foundation
BioRuby 1.0 features と Bio::UniProt と UniProt on ActiveRecord についてポスターで発表してきました．Swissknife をつかっている SIB の中のひとがどこどこやってきて盛況でした． BioRuby: samurai sword v.s. swissknife SIB の中のひとは Swissknife…
2006/07/30-2006/08/04 にブラジルのフォルタレザで開催されたSwissProt20周年記念シンポジウムに参加してきました．47 個の招待講演と 200 個ちかくのポスター発表がおこなわれました．招待講演は SwissProt と関係のふかい世界中の研究者が．日本からは KE…
タンパク質知識ベース UniProt/SwissProt を ActiveRecord でモデル化してみました．ActiveRecord は Ruby on Rails を構成する O/R マッパーです．ActiveRecord でどのようにして UniProt のエントリをモデル化の一例を解説します． モデル設計 UniProt/Swi…
Mac OS X 用のパッケージ管理プロジェクト Fink の bioruby-rb18 が bioruby-1.0 になりました． Fink - Package Database - Package bioruby-rb18 (Bioinformatics environment for ruby) Fink - Home
Imanishi et al., 2004のデータ解析でお手伝いをした論文がアクセプトされました．貢献したところは，おもに，選択的スプラシシングの影響を受けるエクソンと影響を受ける機能ドメインの関連 P 値の計算についてです． Abstract Full text PDF PMID: 16914452…
Alex さんによって 2006-06-22 に rsruby-0.2 がリリースされました． http://web.kuicr.kyoto-u.ac.jp/~alexg/ http://web.kuicr.kyoto-u.ac.jp/~alexg/files/ http://web.kuicr.kyoto-u.ac.jp/~alexg/files/rsruby.0.2.tar.gz このバージョンでは R の Lis…
BioMed Central にて，医学生物学分野のソースコードをあつかうジャーナルが創刊されることに．たいへん興味深い． Source Code for Biology and Medicine | Home page BMC, research in progress YOKOFAKUN: New BMC Journal: "Source Code for Biology and…
WSDL の提供されているウェブサービスは Taverna で容易に追加して扱うことができる．id:nakao_mitsuteru:20060511:AWS でウェブサービス API を追加した expview を試してみた． Apache Taverna - Apache Taverna (incubating) http://itoshi.tv/d/?date=20…
http://itoshi.tv/d/?date=20060506#p01 に ActionWebService (AWS) をつかってウェブサービス API を追加してみた．タイプするだけなら 5 分くらいでできるシナリオである． http://itoshi.tv/d/?date=20060506#p01 http://manuals.rubyonrails.com/read/ch…
b-src.cbrc.jp の開発のために独立行政法人 産業技術総合研究所 生命科学研究センター の協力研究員になりました． http://b-src.cbrc.jp/ http://seq.cbrc.jp/ http://www.cbrc.jp/ AIST： 産業技術総合研究所
MAURICIO HERRERA CUADRAさんが FreeBSD ports/biology/ruby-bio のバージョンを 1.0.0 に更新しました． [BioRuby] FreeBSD port [ports] Index of /head/biology/ruby-bio http://www.arareko.net/blog/2006/04/bioruby-port-updated.html Mauricio Herrer…
（書きかけです） A web services choreography scenario for interoperating bioinformatics applications | BMC Bioinformatics | Full Text ウェブサービス BioMoby: 生物学的データのホスト，データサービスプロバイダとデータの表現，配布と生物学的発…
BioRuby CVS に Ensembl ゲノムブラウザーのクライアント lib/bio/io/ensembl.rb をコミットしました． http://code.open-bio.org/cgi-bin/viewcvs/viewcvs.cgi/bioruby/lib/bio/io/ensembl.rb?rev=1.1&cvsroot=bioruby&content-type=text/vnd.viewcvs-marku…
（書きかけです） taverna-workbench-1.3.1-tutorial.pdf を試してみた．Taverna ワークベンチソフトウェアは，バイオインフォマティクス分野に特化したワークフローに関する複雑な in silico 実験の構築を可能にします．ワークフローやパイプラインを作成し…
2006-04-05 に Alex さんが RSRuby の公開をはじめました．まだまだα版なので絶賛バグ出し中といった状態です． http://web.kuicr.kyoto-u.ac.jp/~alexg/ http://web.kuicr.kyoto-u.ac.jp/~alexg/files/ ruby-talk:186592 Calling R from Ruby ruby-talk:187…
社団法人かずさDNA研究所 特別研究員を委嘱．植物ゲノム基盤研究部 植物ゲノム情報研究室に所属しました． かずさDNA研究所 - 幅広く社会に貢献する研究所をめざしています。 植物ゲノム基盤研究部http://www.kazusa.or.jp/ja/plant/member.html map:x139.99…
任期満了につき独立行政法人 産業技術総合研究所 生命科学研究センター 産総研特別研究員を退職しました． http://seq.cbrc.jp/ http://www.cbrc.jp/ AIST： 産業技術総合研究所
国立大学法人 京都大学から京都大学博士（理学）を授与されました． 京都大学 [理1458]:[2006/03/23]中尾 光輝--ヒト選択的タンパク質アイソフォームの分類に関する研究?遺伝子産物の多様性のパタン分類と局在化シグナルの相関解析 Kyoto University Researc…
ATD/II でポスター発表してきました．
2006/03/21-23 に EMBL-Heidelberg で開催されたワークショップに参加してきました． http://www.ebi.ac.uk/Information/events/atd-sympo/
（書きかけです） ESF-JSPS Follow-Up Workshop on Functional Genomics - From the Bench to Bioinformatics - で口頭発表してきました．
