2008-01-01から1年間の記事一覧
2008年の活動をふりかえります。 原著論文 OUP | Not Found - 研究開発創作日誌 Low conservation and species-specific evolution of alternative splicing in humans and mice: comparative genomics analysis using well-annotated full-length cDNAs | N…
R で TogoWS をつかってみます。TogoWS REST API 経由での利用によって、データベースレコードのフィールドの値が簡単に取り出せます。 関数定義 library(RCurl) togows_entry <- function(query_string) { base_url <- "http://togows.dbcls.jp/entry" url …
第１０回オープンバイオ研究会を配信しました。 http://www.ustream.tv/recorded/978035 配信システムはいままでの利用実績のある構成とかわりません。 http://navi.kazusa.or.jp/mod/forum/906.html id:nakao_mitsuteru:20080711:gisw2008ust id:nakao_mits…
ゲノム解析ワークフロー Galaxy を紹介しました。くわしくはスクリーンキャストを見てください。録画の 01:30 から 01:39 あたりです。 Galaxy Galaxy Community Hub http://g6.kazusa.or.jp 国際化作業してます。 http://www.ustream.tv/recorded/978035
SOAP でのウェブサービスのプロキシサービスと REST API の TogoWS を紹介しました。録画の 01:15 から 01:30 あたりです。 http://togows.dbcls.jp/site/rest.html http://www.ustream.tv/recorded/978035
Ustream でセミナーや研究会を配信するとよいという内容です。ほとんど機材の説明をしています。録画の 01:07 から 01:15 あたりです。 http://www.ustream.tv/recorded/978035 http://navi.kazusa.or.jp/mod/forum/906.html
JSBi2008 の会場で第１０回オープンバイオ研究会を開催しました。メインセッションと同時刻に開催したので、集まりは例年と比べると１／３ほどの約１０名でした。事前に募集していたトピックやライトニングトークをフリーな感じですすめました。 松田研究室 …
2008/12/09-12に神戸で開催されたBMB2008でポスター発表をしました。 かずさアノテーション：持続可能な遺伝子アノテーション整備のための新型システム Kazusa Annotation suite: new generation gene annotation system. 中尾光輝、岡本忍、藤沢貴智、中村…
12月16日に千里ライフサイエンスセンターで開催される JSBi2008 内の自由集会として、第１０回オープンバイオ研究会を開催いたします。 http://open-bio.jp/?meeting10 松田研究室 今回もオープンスペースをおこないます。話題のある方はぜひご参加ください…
Nucleic Acids Res. 2008 Nov;36(20):6386-95. Epub 2008 Oct 5. Low conservation and species-specific evolution of alternative splicing in humans and mice: comparative genomics analysis using well-annotated full-length cDNAs.Takeda J, Suzuki …
9月25日に東大医科学研究所ヒトゲノム解析センターで開催された講習会で講習をしてきました。 「配列解析」を担当しました。 日時：2008年9月25日（木）13:00〜17:30 会場：東京大学 医科学研究所 ヒトゲノム解析センター 3階講習会室 定員：30名（事前申込…
9/10-14 に英国 Hinxton の Wellcome Trust Genome Campus で開催された JOINT CSHL/WELLCOME TRUST CONFERENCE GENOME INFORMATICS に参加してきました。 Genome Informatics 2008 404 | CSHL 9/10 Day 1 Session 1 19:30 Pathogens and medical genomics 9…
Genome Informatics 2008 でポスター発表してきました。 Genome Informatics 2008 404 | CSHL
Genome Informatics 2008 に参加するために英国 Hixton の Wellcome Trust Genome Campus に行きました。 往路 08:05 京成上野 特急。 始発駅なのですわれます。 成田空港 やや空いているようでしたので、チェックイン時にPC電源付きの座席（22-27）に変更で…
2008/08/29に北大で開催された統合データベース講習会 AJACS4 蝦夷で実習を行いました。 AJACS4 - MotDB AJACS蝦夷/講習内容 - MotDB 30 人ほどの学部学生、大学院生から外部の研究員のからまで30名以上が参加されました。担当した実習は、AJACS蝦夷/講習内…
http://b-src.cbrc.jp の中の gonzui の db インデクスが不安定だったので、関連パッケージを再インストールしました。 bdb-5.8 拡張ライブラリのコンパイルがどうしても解決できなかったので、ruby 1.9 の利用は廃止し、ruby 1.8.7 を使用しました。こちら…
Ustream.Tv をつかってゲノム情報利用ワークショップの中継をしました。直前の告知でしたが 10 名ほど視聴されていました。ありがとうございます。視聴者は、企業のかたが多かったようでした。 機材 PC MacBook Pro カメラ1 Xacti CG65 会場アンビエント カ…
（あとでかく）
昨年から参加している、ライフサイエンス統合データベースプロジェクトのサービスが公開されました。開発にかかわったものを紹介します。 ライフサイエンス統合データベースプロジェクト-統合ホームページ-LSDB http://dbcls.rois.ac.jp/press/080528press.h…
次世代シーケンサーの国際シンポジウムに参加しました。手書きのメモと記憶から書き写します。 日 時： 2008年5月28日（水） 13:00-17:40 会 場： 東京大学農学部・弥生講堂（一条ホール）メタゲノム解析手法の導入と新世代DNAシークエンサーの登場により、…
奈良先端大学院大学から東工大に移られた黒川顕さんに紹介いただきました。ありがとうございます。 連載「いいともバイオインフォマティストの第2回は、中尾光輝・かずさDNA研究所特別研究員。SNSによるアノテーションにも取り組む。2月開始の「BTJアカデミ…
DBCLS で DAS のセミナーをしてきました。国内での DAS の利用がもっと普及すればいいと思うのでぼくは押し進めます、協力してください、という内容のセミナーです。もうひとつの結論は、ウェブサービスだけではだめで、それをとりまく部分の仕様も決まって…
国立遺伝学研究所研究会『生物情報資源の相互運用性』
Ustream.Tv をつかってワークショップの中継をしました。告知がうまくできなくて、のべ５人ほどが見に来ていました。 機材 PC MacBook Pro 第一世代 カメラ UCAM-DLQ30HSV 30万画素USBカム マイク HM-W300 2.4GHz帯ワイアレスマイク ネット接続 イーサネット…
タイトル DAS workshop 2008 参加報告 講演者 ○中尾光輝（かずさディー・エヌ・エー研究所） 講演概要 DAS workshop 2008に参加してきました。ゲノム配列と遺伝子のアノテーションの共有プロトコルとして、ヨーロッパを中心に利用実績がとてもたかまっている…
3/7-8 と北陸先端大学院大学で開催される第３７回 人工知能学会 分子生物情報研究会（SIG-MBI）（オープンバイオ研究会と共催）で発表します。 17:45-18:10 タイトル：DAS workshop 2008 参加報告 講演者：○中尾光輝（かずさディー・エヌ・エー研究所） 講演…
英国ケンブリッジの Hinxton への往復の出張をしました。 英国のタイムゾーンは GMT、日本との時差は -9時間。グリニッジはロンドンから一時間くらいで旅行できそうだったからいってみたかったかもしれない。 往路 経路については事前にほとんど調査していな…
2/25-26 に Hinxton のウェウカムトラスト・ゲノムキャンパスで開催された DAS workshop 2008 に参加しました。一日目 25 日は一般公募したセミナーで、二日目 26 日はハンズオンセミナーでした。 DAS workshop は例年おこなわれていて、昨年 も Hinxton で…
2/25-26 に Wellcome Trust Genome Campus にて開催される DAS workshop 2008 に参加します。25 日は開発者のプレゼンがいくつかあり、26 日はハンズオンセミナー（PerlもしくはJava）です。もしかしたら 25 日 10:00 GMT 頃から Ustream.tv で中継するかも…
