2007年の活動をまとめてみます。 原著論文 J.-i. Takeda, Y. Suzuki, M. Nakao, T. Kuroda, S. Sugano, T. Gojobori, and T. Imanishi H-DBAS: Alternative splicing database of completely sequenced and manually annotated full-length cDNAs based on H…

お台場の科学未来館で開催中の JSBi2007 のポスターセッションと並行して、第８回オープンバイオ研究会を開催しました。JSBi2007の事務局のかたのご協力でスムーズに開催することができました。ありがとうございます。 http://zp.cbrc.jp/jsbi2007 http://op…

BioRuby 1.2.0 がリリースされました。ChengeLog はこちらです。３つの方法でインストールができます。 tarball。http://bioruby.org/archive/bioruby-1.2.0.tar.gz CVSから。cvs -d :pserver:cvs@code.open-bio.org:/home/repository/bioruby checkout bior…

2007-12-25 に神戸大学で開催されるRuby/Rails勉強会＠関西-21にて、BioRuby開発者の後藤さんによる「BioRubyと生命情報解析」の発表があるそうです。 「BioRubyと生命情報解析」 by ngoto さん概要 BioRubyはバイオインフォマティクス（生物情報学）の解析…

b-Src は ruby 1.9 で動いています。最近落ちることが頻繁になってきたので、最新版に更新して様子をみてみます。 ruby 1.9 のソースコードの取得 Ruby Core を参考にして、trunk 取得します。 $ svn co http://svn.ruby-lang.org/repos/ruby/trunk ruby コ…

第８回オープンバイオ研究会のご案内をいたします。来る 12/18 にお台場の科学未来館で開催される JSBi2007 にて第８回オープンバイオ研究会をおこないます。 http://zp.cbrc.jp/jsbi2007 http://open-bio.jp/?meeting8 今回は発表形式ではなく、第３回、第…

Abstract Full Text PubMed Welcome to H-Invitational database!! 遺伝子産物の機能アノテーションの更新に参加しました。タンパク質の細胞内局在予測（PTS1予測）をおこないました。

第7回オープンバイオ研究会@Apple store Ginzaでライトニングトークをしてきました。 http://open-bio.jp/?meeting7 17:25-17:30 コドン表の可視化技法 講演者 中尾光輝（財団法人 かずさディー・エヌ・エー研究所）講演概要 コドン表の可視化技法の開発から…

産総研CBRCでプログラミングの実習をしてきました。対象者はほんとうに初めてプログラミングをするかたが９割ほどでしたので、大胆にすべてコピー＆ペーストでプログラミングの基本を体験するような内容にしました。 http://training.cbrc.jp/modules/tinyd3…

セミナーのスライドを SlideShare で公開しました。 質問 Q かずさのブックマークはどんなものか見せて A スクリーンショットを見せました Q 遺伝子の概念はどうするのか？選択的スプライシング産物のアノテーションなど A 遺伝子シンボルがあればそれをつか…

会場はお台場の生命情報工学研究センター（CBRC）です。 日程: 2007年 08月 31日 (金) 14:00〜 場所: 臨海副都心センター別館8階コラボレーションコーナー 講演者/発表者: 中尾 光輝（かずさディー・エヌ・エー研究所 特別研究員） 主催チーム: 配列解析チー…

elgg を http://b-src.cbrc.jp/ に追加しました。 http://b-src.cbrc.jp/markup/elgg ソースコードは次のようにして取得しました。 mkdir elgg cd elgg mkdir elgg cd elgg svn co svn://svn.elgg.net/elgg/devel/ cd .. svn co svn://svn.elgg.net/plugins/…

ext-1.0.1 を http://b-src.cbrc.jp/ に追加しました。 http://b-src.cbrc.jp/markup/ext-1.1-beta2 ソースコードは次のようにして取得しました。 curl -O http://extjs.com/deploy/ext-1.1-beta2.zip Sencha - Sencha.com | Sencha.com Free Sencha Product…

ext-1.0.1 を http://b-src.cbrc.jp/ に追加しました。 http://b-src.cbrc.jp/markup/ext-1.0.1 ソースコードは次のようにして取得しました。 curl -O http://extjs.com/deploy/ext-1.0.1a.zip Sencha - Sencha.com | Sencha.com Free Sencha Product Trials…

シュプリンガー・ジャパンからRとBioconductorを用いたバイオインフォマティクスが出版されました。 翻訳を企画しておよそ一年と半年をへてついに出版しました。関係者のみなさま、お疲れさまでした。そしてありがとうございます。RとBioconductorを用いたバ…

Yahoo! UI Library (YUI) を http://b-src.cbrc.jp/ に追加しました。 http://b-src.cbrc.jp/markup/yui ソースコードは次のようにして取得しました。 open http://developer.yahoo.com/yui/download/SourceForge へリダイレクトされます。 http://developer…

国立遺伝学研究所で Bioconductor チュートリアルをおこなってきました。 Bioconductorチュートリアル @ NIG - Bioconductorノート - bioconductorグループ はじめに - Bioconductorノート - bioconductorグループ R の導入について - Bioconductorノート - …

http://homepage3.nifty.com/kimuraw/proj/tmpresents.html で告知につかったテキストです。背景を黒、文字を白にしていました。 6月9日の昼につかった原稿 緊急告知 Reject 会議 やります！ 明日 Ruby会議 終了後 19:00くらい 場所はココ ↓ Reject会議って…

RubyKaigi2007 の撤収と同時開催で RejectKaigi2007 を開催してきました。 RejectKaigi2007まとめページ | TAKESAKO @ Yet another Cybozu Labs Route 477(2007-06-11) http://twitter.1x1.jp/search/?keyword=RejectKaigi&lang= RejectKaigi2007の人気記事 …

Bioconductor の Subversion レポジトリ Rpacks を http://b-src.cbrc.jp/ に追加しました。 http://b-src.cbrc.jp/markup/Rpacks ソースコードは次のようにして取得しました。 svn co https://hedgehog.fhcrc.org/bioconductor/trunk/madman/Rpacks/ http:/…

R-2.5.0 を http://b-src.cbrc.jp/ に追加しました。 http://b-src.cbrc.jp/markup/R-2.5.0 ソースコードは次のようにして取得しました。 curl -O http://cran.r-project.org/src/base/R-2/R-2.5.0.tar.gz The Comprehensive R Archive Network

BioRails を http://b-src.cbrc.jp/ に追加しました。 http://b-src.cbrc.jp/markup/biorails ソースコードは次のようにして取得しました。 svn co http://biorails.org/svn/biorails Edge Support Drug discovery informatics Services - The Edge Software…

jruby-1.0.0RC1 を http://b-src.cbrc.jp/ に追加しました。 http://b-src.cbrc.jp/markup/jruby-src-1.0.0RC1 ソースコードは次のようにして取得しました。 curl -O http://dist.codehaus.org/jruby/jruby-src-1.0.0RC1.tar.gz http://jruby.codehaus.org/

emboss 3.0.0 は MacPorts にあるけど、なぜかソースがダウンロードできないので，つい emboss 4.1.0 の Portfile を作った．（中略）．emboss 3.0.0 用のPortfileを参考にしている．versionとmaster_sitesとchecksumsを変更しただけとも言う．emboss 3.0.0 …

MacPorts として Bioperl 1.5.2 をインストールしたかったので、Bioperl 用の Portfile をつくってみた。依存関係（depends_lib-append）の煮詰めが若干甘いとおもうけど、自分の環境ではインストールできたようで、bp_glyphs1-demo.pl が動作した。Back in …

Bioinformatics や生物学のためのアプリケーションにつかえる Ruby on Rails プラグインのための公開SubversionレポジトリーをRubyForge.orgではじめました。BioRuby Rails Plugins です。 http://rubyforge.org/projects/bioruby-annex/ そこで、いままで R…

biomart-perl release-0_5 を http://b-src.cbrc.jp/ に追加しました。 http://b-src.cbrc.jp/markup/biomart-perl ソースコードは次のようにして取得しました。 cvs -d :pserver:cvsuser@cvs.sanger.ac.uk:/cvsroot/biomart login cvs -d :pserver:cvsuser@…

martj release-0_5 を http://b-src.cbrc.jp/ に追加しました。 http://b-src.cbrc.jp/markup/martj ソースコードは次のようにして取得しました。 cvs -d :pserver:cvsuser@cvs.sanger.ac.uk:/cvsroot/biomart login cvs -d :pserver:cvsuser@cvs.sanger.ac.…

引き続き、CBRCの協力研究員です。だたし、独立行政法人 産業技術総合研究所 生命科学研究センターは独立行政法人 産業技術総合研究所 生命工学研究センターになりました。 http://b-src.cbrc.jp/ http://seq.cbrc.jp/ http://www.cbrc.jp/ AIST： 産業技術…

d:id:nakao_mitsuteru:20070307:p1で告知していた、東京大学医科学研究所で開催された「生物情報の相互運用性 2007」にて30分の発表をしてきました． http://www.event.nig.ac.jp/db/db2007/ 中尾光輝、Kazusa API - ウェブサービスAPIを中規模公開データベ…