emboss 3.0.0 は MacPorts にあるけど、なぜかソースがダウンロードできないので，つい emboss 4.1.0 の Portfile を作った．（中略）．emboss 3.0.0 用のPortfileを参考にしている．versionとmaster_sitesとchecksumsを変更しただけとも言う．emboss 3.0.0 …

MacPorts として Bioperl 1.5.2 をインストールしたかったので、Bioperl 用の Portfile をつくってみた。依存関係（depends_lib-append）の煮詰めが若干甘いとおもうけど、自分の環境ではインストールできたようで、bp_glyphs1-demo.pl が動作した。Back in …

Bioinformatics や生物学のためのアプリケーションにつかえる Ruby on Rails プラグインのための公開SubversionレポジトリーをRubyForge.orgではじめました。BioRuby Rails Plugins です。 http://rubyforge.org/projects/bioruby-annex/ そこで、いままで R…

biomart-perl release-0_5 を http://b-src.cbrc.jp/ に追加しました。 http://b-src.cbrc.jp/markup/biomart-perl ソースコードは次のようにして取得しました。 cvs -d :pserver:cvsuser@cvs.sanger.ac.uk:/cvsroot/biomart login cvs -d :pserver:cvsuser@…

martj release-0_5 を http://b-src.cbrc.jp/ に追加しました。 http://b-src.cbrc.jp/markup/martj ソースコードは次のようにして取得しました。 cvs -d :pserver:cvsuser@cvs.sanger.ac.uk:/cvsroot/biomart login cvs -d :pserver:cvsuser@cvs.sanger.ac.…

引き続き、CBRCの協力研究員です。だたし、独立行政法人 産業技術総合研究所 生命科学研究センターは独立行政法人 産業技術総合研究所 生命工学研究センターになりました。 http://b-src.cbrc.jp/ http://seq.cbrc.jp/ http://www.cbrc.jp/ AIST： 産業技術…