有田正規さん編纂による実験医学増刊号「使えるデータベース・ウェブツール」に、DDBJ の藤澤さんといっしょに記事を執筆しました。解析プラットフォーム GalaxyやBioMart、Cytoscape活用の解説です。Galaxyの説明のところでは、いわゆる Galaxy で彼女がで…
バイオハッカソン2009の活動報告としてのレビュー論文が出版されました。 Review The 2nd DBCLS BioHackathon: interoperable bioinformatics Web services for integrated applicationsToshiaki Katayama*, Mark D Wilkinson, Rutger Vos, Takeshi Kawashim…
クリエイティブ・コモンズ・ライセンスの活用事例集 The Power of Open の翻訳に参加しました。 この本は、いろいろなクリエイティブの現場で創造物のライセンスにクリエイティブ・コモンズ・ライセンスをつかって成功している事例紹介です。どんな分野でつ…
特任研究員の任期満了にともなって、ライフサイセンス統合データベースセンターを退職しました。ライフサイセンス統合データベースセンターでは、基盤技術開発チームにてバイオハッカソンの開催、サービスの開発（TogoWS、TogoDB、DBCLS Galaxy、First Autho…
応用システムバイオロジー研究会で講演しました。 データ統合とサイバーインフラストラクチャ View more presentations from Mitsuteru Nakao JSBi 第1回 応用システムバイオロジー研究会 プログラム http://togodb.dbcls.jp/TBA/
Creative Commons ライセンスの利用についての記事を執筆しました。 ISBN 978-4-7741-4389-7 http://gihyo.jp/magazine/wdpress/archive/2010/vol59 WEB+DB PRESS Vol.59作者: 竹内真,猪狩丈治,矢野りん,中島拓,伊藤敬彦,角田直行,はまちや2,柄沢聡太郎,田中…
BioRuby の論文が出版されました。 Bioinformatics. 2010 Oct 15;26(20):2617-9. Epub 2010 Aug 25. BioRuby: bioinformatics software for the Ruby programming language. Goto N, Prins P, Nakao M, Bonnal R, Aerts J, Katayama T. http://bioinformatic…
オライリージャパンから監訳本「セマンティックWeb プログラミング」が出版されました。マッシュアップ時代のデータ統合技術として有望な RDF や Linked Data を活用したプログラミングやウェブサイト開発をはじめるのに最適な一冊となっております。 セマン…
TogoWSの論文が Nucleic Acids Research の Web Server Issue に掲載されました。 http://nar.oxfordjournals.org/cgi/content/full/gkq386 PMID:20472643 TogoWS ウェブサーバ特集号なので、サンプルコード多めで書きました。幅の長くなりがちな URL が多め…
来る２月８日から１２日に東京にて国際開発会議DBCLSバイオハッカソン2010を開催いたします。初日の８日にはシンポジウムを開催し、のこりの日程で開発会議をおこないます。参加者募集中です。ライフサイエンス統合データベースセンターでは、ライフサイエン…
BiWO2009 の情報統合データベースのセッションで講演しました。ライフサイエンス統合データベースの課題：権利と法律、技術View more documents from Database Center for Life Science (DBCLS).ライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS）の活動の…
あたらしい cyanobase の論文が Nucleic Acids Research Advance Access として出版されました。NAR Database issue 2010 に掲載されます。 Nucleic Acids Research | Oxford Academic Abstract Full Text Print PDF これまでの CyanoBase のデータの追加と…
情報処理学会誌９月号小特集: 生命情報学が直面する大規模ゲノムデータ時代の課題に BioHackathon 2009 での議論を踏まえた記事を書きました。BioHackathon 2008 と 2009 でおこなってきたライフサイエンスにおけるウェブサービスの相互運用性向上による統合…
東大医科研で開催された第２３回システムバイオロジー研究会にて BioHakcathon 2009 の発表をしてきました。オーガナイザーの理研の川路さん、ありがとうございます。 BioHackathon 2009 レポート 中尾光輝 (ライフサイエンス統合データベースセンター)ライ…
文科省 統合データベースプロジェクトのシンポジウムでBioHackathon 2009 実行委員会としてポスター発表しました。 タイトル BioHackathon 2009 レポート 名前 ○中尾光輝1)，BioHackathon 2009 実行委員会1,2,3) 所属 1)情報・システム研究機構 ライフサイエ…
仲里さんが宮崎で開催された第９回日本分子生物学会春季シンポジウムにてポスター発表いたしました。 http://www.miyazaki-med.ac.jp/2bio/mbsj2009/index.html http://blog.dbcls.jp/portal/20090511.html#p01 ライフサイエンス統合データベースプロジェク…
退職後もバクテリアゲノムや植物ゲノムデータ、アノテーションの研究で協力関係をつづけます。 かずさDNA研究所 - 幅広く社会に貢献する研究所をめざしています。 Kazusa Genome Resources http://a.kazusa.or.jp
大学共同利用法人 情報・システム研究機構（ROIS） ライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS）の特任研究員になりました。 大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構（ROIS） ライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS） map:x139.7650…
任期満了につき、かずさディー・エヌ・エー研究所を退職しました。
2009/03/27-28に人工知能学会分子生物情報研究会（SIG-MBI）と共催で第１１回オープンバイオ研究会を開催しました。 http://www.jaist.ac.jp/~ken/sigmbi/ http://open-bio.jp/?meeting11 http://open-bio.jp/?meeting11-abstract 今回は４コマプレゼンポス…
あとでかく。 KPT Keep Problem Try
BioHackathon 2009 あとでかく。
あとでかく。
あとでかく。
東京大学武田記念先端ホールにて BioHackathon 2009 Symposium を開催いたしました。
http://mart.kazusa.or.jp/biomart/martview
http://a.kazusa.or.jp
2009/03/05-07に中央大学後楽園キャンパスで開催された第３回日本ゲノム微生物学会年会のセッション 7 - 5 データベースで口頭発表をしました。口頭発表者もポスターを掲示できるのでポスターの掲示をおこないました。 7502 CyanoBaseとRhizoBase：新型微生…
http://github.com/nakao/togows-on-r/tree/master で R から TogoWS RESTful API を利用するパッケージをつくっています。 インストール方法 git clone git://githum.com/nakao/togows-on-r.git cd togows-on-r R CMD build togows R CMD install togows 使…
RSRubyのソースコードレポジトリがgithub に移動していました。
