BioPAX ハッカーソンとワークショップとシンポジウムと

会議

2005/11/15 から 18 までお台場の産総研で開催された BioPAX のイベントに潜入．

ハッカーソン

10分ほど潜伏してみたところ，OWL を中心としたツールの実装などについていくつかのグループにわかれて議論していたような．まったりとした雰囲気，突然はじまるプレゼンテーション，ダイエットコーク，ホワイトボードにプロジェクトのリストとゴールを走り書き，そんな感じ．
セマンティック・ウェブ業界ではバイオ方面での応用が注目されている，と小耳にはさむ．


ワークショップ

専門ではないオントロジー関係のことを英語で聞くのは厳しいことを認識．パネルで議論が白熱してくると４，５人が同時に話しだして，聞き取りは無理メ．
北野さんのトークはさすがに引き込む雰囲気で，議論が白熱していた．graphical notation．

机の配置はスクリーンに対して垂直方向に部屋の中心向きに長机を二列づつ向い合わせに．そうすると，スクリーンを見るときに全員が横を向くことになる．〈前後〉感が希薄になる悪くない配置．

シンポジウム

狭いテーマのシンポジウムだったので，密度が高い印象．

10:00 aMAZE

ツールとしては Eclipse プラグインを開発している．IQL (Igloo Query Language) という問い合わせ言語によって操作データを操作する，らしい．

11:24 Reactome

EBI と CSHL のジョイントプロジェクト．GenomeKB から Reactome にいたった経緯を紹介．OrthoMCL を使っている．コンテンツは BioPAX や SBML，テキストブックとしての PDF に出力可能．

11:53 INOH

ここまで聞いていて participants という単語がポンチ絵のなかのオブジェクトを指して使っていることが分かった．擬人化のように聞こえる．Protein Name Ontology，MoleculeRole Ontology，Event Ontology でパスウェイをアノテーションしたデータとパスウェイアノテーション支援ツールを提供．

13:30 Chri Sander's Keynote

bioPAX > BIOpax．Biology is not physics．Systems biology<->model/?/?，cBio，COSMIC，iHOP，Cytoscape，www.proteinkeys.org，mirna.org

15:45 KEGG

Rpair リアクションパターン，reactant pairs．KGML，KEGG2BioPAX

16:17 ARM

開発しているデータベースとツールをつかった共同研究三題．(1) イネの葉のメタボロームのタイムコースプロファイリングw/慶応．SOM-PAK で可視化．データが良いと自ずと示す．(2) アイソトープでトレースw/ RIKEN PSC．経路により原子の位置がランダム化することがある．計算機予測と測定結果．ランダム化自体は古くからよく知られていることで，再確認以上ではないとか．こういったメタボロームはまだomics未満．(3) moieties w/ UT．

16:45 Petri Net

Hybrid Functional Petri Net (HFPN)．連続変化と離散変化を同時に扱える．みんな知っている水洗便器を例にして HFPN を説明．PN だと自販機を例にするところ．さすが芸も重視される研究室気質．CSML，CSML <-> SBML．MDM2-|p53, p19ARF-|MDM2 系を例にしてモデルと実験結果の合うところと合わないところを例示．パテントか何かであまり表にでていない．