KEGG 10 周年シンポジウム

会議

2005/12/15-16 に京都で開催された KEGG 10 周年シンポジウムに参加．

講演は，NCBI や EBI からの招待講演（一日目）と KEGG や金久研にゆかりのある方々の講演（二日目）の二部構成．

Opening. Kenichi Matsubara, President, DNA Chip Research Inc.

京大総長とJSTの方と松原謙一さんの三名が祝辞を．松原謙一さんは 1988 年に金久先生に初めて会ったらしい．KEGG の EGG と chick を掛けてトークを展開．

Video message from David Lipman, Director, National Center for Biotechnology Information

超品質のビデオ．どこにあったのかわからないけどかなり古いバージョンの KEGG のウェブサイトのキャプチャーを示したりしていた．もしかしたら CD-ROM 版の？

iKeg announcement by Minoru Kanehisa

NCBI と Kyoto (GenomeNet) の比較を披露．

そして，ikeg in iPod を披露．

Tatiana Tatusova (National Center for Biotechnology Information) Computing Discoveries in Biology

NCBI の紹介．

1988 に設立．1989 Blast，1990 Entrez，1992 GenBank，1995 Genome，1997 PubMed，...などなど．
最近の機能追加として，Entrez で検索した配列集合に対して blast 検索することができるようになったこと，ゲノム配列に対する blast 検索機能，タンパク質配列と遺伝子構造をつなげる proSplign，TaxPlot を紹介．

Splign は見つかるけど proSplign は見つからない．

Janet Thornton (European Bioinformatics Institute) From Proteins and Metabolites to Interactions, Reactions and Pathways

EBI の紹介．

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CSA と MACiE の紹介．

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Richard Cammack (King's College London) Biochemical Nomenclature

「名前重要」．PIN: Preferred IUPAC Name, InChI．TLA: three-letter abbreviation.

Minoru Kanehisa (Kyoto University) Towards Reconstruction of the Biological World Through Chemical Genomics

Chemical space と Genomic space のインターフェイス．

Daisuke Kihara (Purdue University) Protein Function Prediction in the Structural Genomics Era

PFP: Protein Function Prediction と機能アノテーションについて．

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Hiroyuki Ogata (CNRS Marseille) Lessons from Genomics of Rickettsia and Tropheryma

冒頭はフランス語でチェアの中井さんに挨拶したり．Virtual Microarray と Metagrowth．
Metagrowth は難培養性バクテリアの培地開発のための〈仮説〉と〈事実〉のデータベース．アミノ酸などの生合成遺伝子やトランスポータ遺伝子の有無をゲノム情報から集めて仮説をつくる．正にゲノム情報というもの．

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