AWS でつくった WSDL なウェブサービスを Taverna から利用する
WSDL の提供されているウェブサービスは Taverna で容易に追加して扱うことができる．id:nakao_mitsuteru:20060511:AWS でウェブサービス API を追加した expview を試してみた．
- Apache Taverna - Apache Taverna (incubating)
- http://itoshi.tv/d/?date=20060506#p01
- 11 分のあれに 5 分くらいでウェブサービス API を追加するシナリオ - 研究開発創作日誌
使用環境
- Mac OS X 10.4.6
- Taverna.app 1.3.2-RC1 http://prdownloads.sourceforge.net/taverna/taverna-workbench-1.3.2-RC1.dmg?download
- ruby 1.8.4
- gem 0.8.11
- rails 1.1.2
expview の起動
id:nakao_mitsuteru:20060511:AWS の API 付きの expview を起動する．
$ cd expview $ ruby script/server => Booting WEBrick... => Rails application started on http://0.0.0.0:3000 => Ctrl-C to shutdown server; call with --help for options [2006-05-15 00:02:57] INFO WEBrick 1.3.1 [2006-05-15 00:02:57] INFO ruby 1.8.4 (2005-12-24) [i686-darwin8.6.1] [2006-05-15 00:02:57] INFO WEBrick::HTTPServer#start: pid=1559 port=3000
WSDL を確認する．
$ open http://localhost:3000/expression/service.wsdl
Safari.app の場合は真っ白なページになるけど，ソースを表示（opt + cmd + u）で WSDL が読める．
Taverna に WSDL を登録
Taverna project website: Documentation Home の Basic Introdutory Tutorial (pdf) を読んでいないと以下の内容は分からないかもしれません．
- Taverna.app 起動．
- Taverna の Available services ウィンドウの Available Processors のうえで右クリック（もしくは ctrl + クリック）で Available Processors メニュー を表示．
- Available Processors メニューの Add New WSDL scavenger... を選択．
- WSDL URI (http://localhost:3000/expression/service.wsdl) を登録．
- Available Processors ウィンドウに WSDL @ http://localhost:3000/expression/service.wsdl が追加されればオッケー．
FindExpressionsById
- Available services ウィンドウの WSDL @ http://localhost:3000/expression/service.wsdl を展開して FindExpressionsById を表示．
- FindExpressionsById を右クリック（もしくは ctrl + クリック）してメニューを表示．
- メニューの中の invoke を選択．
- Run Workflow ウィンドウが表示される．
- Run Workflow ウィンドウの Input Document パネルの affyid を右クリック（もしくは ctrl + クリック）して New Input Value を選択．
- 右のパネルの Some input data goes here を適当な affyid（例えば 100015_at） に書き換える．
- Run Workflow ウィンドウの右下の Run Workflow をクリックして実行．
- Enactor invocation ウィンドウが表示される．
ところが，ここで processor が ServiceFallure になる．困りました．
Enactor invocation の Process Report
エラーを確認する．
<workflowReport workflowID="2" workflowStatus="COMPLETE">
<processorList>
<processor name="processor">
<ServiceFailure TimeStamp="2006/05/15 0:37:44" />
<ServiceError Message="Error occured during invocation [D" TimeStamp="2006/05/15 0:37:44">Error occured during invocation [D<br> WSDLInvocationTask.execute(..) : l
ine 192 &lt;WSDLInvocationTask.java&gt;<br> ProcessorTask.runAndGenerateTemplates(..) : line 503 &lt;ProcessorTask.java&gt;<br> ProcessorTask.doI
nvocationWithRetryLogic(..) : line 453 &lt;ProcessorTask.java&gt;<br> ProcessorTask.invokeOnce(..) : line 376 &lt;ProcessorTask.java&gt;<br> Proc
essorTask.invokeWithoutIteration(..) : line 561 &lt;ProcessorTask.java&gt;<br> ProcessorTask.invoke(..) : line 301 &lt;ProcessorTask.java&gt;<br>
ProcessorTask.handleRun(..) : line 237 &lt;ProcessorTask.java&gt;<br> NewState$1.run(..) : line 67 &lt;NewState.java&gt;<br><br>[D<br>
DataThingFactory.convertObject(..) : line 146 &lt;DataThingFactory.java&gt;<br> DataThing.<init>(..) : line 234 &lt;DataThing.java&gt;<br>
WSDLInvocationTask.execute(..) : line 134 &lt;WSDLInvocationTask.java&gt;<br> ProcessorTask.runAndGenerateTemplates(..) : line 503 &lt;ProcessorTask.java&
amp;gt;<br> ProcessorTask.doInvocationWithRetryLogic(..) : line 453 &lt;ProcessorTask.java&gt;<br> ProcessorTask.invokeOnce(..) : line 376 &lt;Proces
sorTask.java&gt;<br> ProcessorTask.invokeWithoutIteration(..) : line 561 &lt;ProcessorTask.java&gt;<br> ProcessorTask.invoke(..) : line 301 &lt;P
rocessorTask.java&gt;<br> ProcessorTask.handleRun(..) : line 237 &lt;ProcessorTask.java&gt;<br> NewState$1.run(..) : line 67 &lt;NewState.java&am
p;gt;<br></ServiceError>
<Invoking TimeStamp="2006/05/15 0:37:44" />
<ProcessScheduled TimeStamp="2006/05/15 0:37:44">
<s:arbitrarywsdl xmlns:s="http://org.embl.ebi.escience/xscufl/0.1alpha">
<s:wsdl>http://localhost:3000/expression/service.wsdl</s:wsdl>
<s:operation>FindExpressionsById</s:operation>
</s:arbitrarywsdl>
</ProcessScheduled>
</processor>
</processorList>
</workflowReport>
対処法
FindExpressionsById は返り値は Float の Array です．試行錯誤の結果，これを String の Array にすると値は（文字列としてですが）取り出すことができます．
その場合は expview の二つのファイルを変更する必要があります．
app/api/expression_api.rb の :returns の float を string に変更
class ExpressionApi < ActionWebService::API::Base
api_method :find_expression_by_id,
:expects => [{:affyid => :string}, {:day => :int}],
:returns => [:string]
api_method :find_expressions_by_id,
:expects => [{:affyid => :string}],
:returns => [[:string]]
api_method :find_all_affyid,
:expects => [],
:returns => [[:string]]
endapp/controllers/expression_controller.rb のメソッドの返り値に to_s を追加．
class ExpressionController < ApplicationController
wsdl_service_name 'Expression'
web_service_scaffold :invoke
def find_expression_by_id(affyid, day)
@expression = Expression.find_by_affyid(affyid)
if [0, 2, 4, 10].include?(day)
@expression["d#{day}"].to_s
else
-1.0
end
end
def find_expressions_by_id(affyid)
@expression = Expression.find_by_affyid(affyid)
['d0', 'd2', 'd4', 'd10'].map {|m| @expression[m].to_s }
end
def find_all_affyid
Expression.find(:all).map {|x| x.affyid }
end
end
再試行
- Taverna.app を一度終了してから起動し直す．そうしないと，あたらしい WSDL を読み込まない．
- Available services ウィンドウの WSDL @ http://localhost:3000/expression/service.wsdl を展開して FindExpressionsById を表示．
- FindExpressionsById を右クリック（もしくは ctrl + クリック）してメニューを表示．
- メニューの中の invoke を選択．
- Run Workflow ウィンドウが表示される．
- Run Workflow ウィンドウの Input Document パネルの affyid を右クリック（もしくは ctrl + クリック）して New Input Value を選択．
- 右のパネルの Some input data goes here を適当な affyid（例えば 100015_at） に書き換える．
- Run Workflow ウィンドウの右下の Run Workflow をクリックして実行．
- Enactor invocation ウィンドウが表示される．
- Result browser パネルが表示されると，正常に実行されています．
- 左側のパネルをクリックして値を表示．affyid が 100015_at ならこんな値．
Self 5.55660043997955 5.6629197160292 5.60480888509297 5.72528846920502
まとめ
すべてが Taverna に（繋がるように）なる，を実践するのに Ruby on Rails の Action Web Service (AWS) を使うとローカルで使っているサービスを手軽に扱うことができる．
問題点：AWS と Taverna で型変換上の問題がある．Float が扱えていない．
GUI アプリの解説をテキストだけでしてもなんだかよく分からない．
課題：ソースコードの一部をハイライトして表示したいけどやり方がわからない．
