Katayama T, Nakao M, Takagi T. (2010) TogoWS: integrated SOAP and REST APIs for interoperable bioinformatics Web services, Nucleic Acids Res. 2010 May 14. (Annual Web Server Issue 2010)

TogoWSの論文が Nucleic Acids Research の Web Server Issue に掲載されました。

• http://nar.oxfordjournals.org/cgi/content/full/gkq386
• PMID:20472643
• TogoWS

ウェブサーバ特集号なので、サンプルコード多めで書きました。幅の長くなりがちな URL が多めなので、PDF版 より HTML 版の方が読みやすいと思います。ぜひ、HTML 版でサンプルコードや URL の例示をひとつづつ動作確認をしてみてください。

TogoWS バイオインフォマティクスのウェブサービスの使いにくいところを改善するサービスです。ユーザは使い方のととのったデータベースエントリ取得／検索REST APIや統合されたSOAP WSDLを利用できます。SOAP サービスの利用時にあると便利な、四大プログラミング言語を網羅したサンプルコードやメソッドレベルのサービス死活モニター、メソッドレベルのドキュメントを提供しています。

REST API はデータベースエントリパーザ機能をもち、フォーマット指定とフィールド値取得が可能な点がほかに無い特徴です。いわば、サーバサイド BioRuby というかデータベースエントリパーザのクラウド化といえるでしょう。

TogoWS は DBCLS の基盤チームの立ち上げのころからはじまったプロジェクトです。それ以前からあったウェブサービス相互運用性についての活動の流れで KEGG API をつくっていた HGC の片山さんとサービスの設計を議論しました。この議論はのちに BioHackathon 2009 のウェブサービスマニフェストにつながっていきます。