Taverna のチュートリアル（An Introduction to Taverna 1.3）を試してみた

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（書きかけです）
taverna-workbench-1.3.1-tutorial.pdf を試してみた．

Taverna ワークベンチソフトウェアは，バイオインフォマティクス分野に特化したワークフローに関する複雑な in silico 実験の構築を可能にします．

ワークフローやパイプラインを作成し実行を行うための GUI ツールです．
特徴としては，

  1. X，Windows，Mac OS X で利用できます．
  2. さまざまなウェブサービスをつなげて複雑なパイプラインを作成することができます．
  3. 作成したパイプラインは XML ファイルで保存されます．
  4. 計算結果も XML ファイルに保存されます．

Exercise 1 - Taverna 1.3 のダウンロード，インストールそして実行

Step 1 適切な Taverna ワークベンチアーカイブをダウンロードする

Step 2 インストール

Step 3 Taverna 1.3 の起動

Exercise 2 - 単一サービスのブラウズと呼び出し

Step 1 - Taverna 1.3 を起動する

Step 2 - Services panel を検索する

Step 3 - クイックサーチを利用する

Step 4 - 単一サービスの呼び出し準備

Step 5 - インプットデータを入力する

Step 6 - サービスを呼び出す

Step 7 - 結果を検討する

Step 8 - 結果を保存する（任意）

Step 9 - ログ（記録）を見る（任意）

Exercise 3 - サンプルワークフローの読み込み，探索そして呼び出し

Step 1 - Advanced Model Explorer ウィンドウ

Step 2 - ワークフロー例を読み込む

Step 3 - diagram view

Step 4 - AME におけるワークフローの記述

Step 5 - ワークフローの呼び出し

Step 6 - ワークフローの状態

Step 7 - より結果をながめる

Exercise 4 - ゼロから簡単なワークフローを作ってみる

Step 1 - 現在のワークフローを消去する

Step 2 - ワークフローの入力と出力

Step 3 - 単一配列取得コンポーネントの追加

Step 4 - すべてをひとつに接続する

Step 5 - 入力を記述する

Step 6 - ワークフローを成立させる，そして結果をながめる

Exercise 5 - ワークフローの共有と既存のワークフローの再利用

Step 1 - ワークフローをオンラインに発表する

Step 2 - URL からワークフローを読み込む

Step 3 - Services panel にワークフローを読み込む

Step 4 - Services tree におけるワークフロー

Step 5 - Services tree からワークフローを輸入する

Step 6 - ワークフローの組みを集める

その次は？

結果の別の表示

繰り返しの制御

対障碍性

インラインスクリプティング

Biomart データウェアハウス問い合わせ

結論