Bio::Ensembl

BioRuby

BioRuby CVS に Ensembl ゲノムブラウザーのクライアント lib/bio/io/ensembl.rb をコミットしました．

今のところ Human と Mouse の ExportView のクライアントが実装されています．今後それ以外のサービスのクライアントを実装する予定です．


Human の一番染色体の 1,000 から 1,100 のゲノム配列（String）を取得

bioruby> seq = Bio::Ensembl::Human.exportview(1, 1000, 1100)
bioruby> puts seq
>1 dna:chromosome chromosome:NCBI36:1:1000:1100:1
ACCTCAGTAATCCGAAAAGCCGGGATCGACCGCCCCTTGCTTGCAGCCGGGCACTACAGG
ACCCGCTTGCTCACGGTGCTGTGCCAGGGCGCCCCCTGCTG

Mouse の一番染色体の 1,000 から 100,000 のゲノム配列を取得

seq = Bio::Ensembl::Mouse.exportview(1, 1000, 100000)

Human の一番染色体の 1,000 から 3,000 の gene のゲノムアノテーションを gff（String）で取得

bioruby> seq = Bio::Ensembl::Human.exportview(1, 1000, 3000, ['gene'])
bioruby> puts seqchromosome:NCBI36:1:1000:3000:1 Vega    Gene    874	921     .       +       .       gene_id=OTTHUMG00000000961; transcript_id=OTTHUMT00000002844; exon_id=OTTHUME00000013188; gene_type=_unprocessed_pseudogene
chromosome:NCBI36:1:1000:3000:1 Vega    Gene    1043    1091    .	+       .       gene_id=OTTHUMG00000000961; transcript_id=OTTHUMT00000002844; exon_id=OTTHUME00000013187; gene_type=_unprocessed_pseudogene
chromosome:NCBI36:1:1000:3000:1 Vega    Gene    1477    1561    .	+       .       gene_id=OTTHUMG00000000961; transcript_id=OTTHUMT00000002844; exon_id=OTTHUME00000013186; gene_type=_unprocessed_pseudogene
chromosome:NCBI36:1:1000:3000:1 Vega    Gene    1839    1916    .	+       .       gene_id=OTTHUMG00000000961; transcript_id=OTTHUMT00000002844; exon_id=OTTHUME00000013191; gene_type=_unprocessed_pseudogene
chromosome:NCBI36:1:1000:3000:1 Vega    Gene    2085    2238    .	+       .       gene_id=OTTHUMG00000000961; transcript_id=OTTHUMT00000002844; exon_id=OTTHUME00000013190; gene_type=_unprocessed_pseudogene
chromosome:NCBI36:1:1000:3000:1 Vega    Gene    2317    2534    .       +       .       gene_id=OTTHUMG00000000961; transcript_id=OTTHUMT00000002844; exon_id=OTTHUME00000013189; gene_type=_unprocessed_pseudogene

あらたに生物種を加えるときは Bio::Ensembl::Base を継承してあたらしいクラスを作成します．

module Bio
  class Ensembl::Kumamushi < Base
    Organism = 'Milnesium_tardigradum'
  end
end
seq = Bio::Ensembl::Kumamushi.exportview(1, 1000, 100000) # あれば