R で TogoWS をつかってみます。TogoWS REST API 経由での利用によって、データベースレコードのフィールドの値が簡単に取り出せます。 関数定義 library(RCurl) togows_entry <- function(query_string) { base_url <- "http://togows.dbcls.jp/entry" url …

id:nakao_mitsuteru:20080202:BioHackathon2008 で告知していた BioHackathon 2008 を ustream.tv で中継しています。 BioHackathon 2008 Tokyobiohackathon2008

2008-02-11から15まで、東京で BioHackathon 2008 が開催されます。 Web Service BioHackathon 2008 のご案内 Web Service Hackathon 開催趣旨 国内外から（１）バイオ系ウェブサービス提供サイト開発者、（２）Open Bio*開発者、（３）ワークフロー構築のた…

BioRuby 1.2.0 がリリースされました。ChengeLog はこちらです。３つの方法でインストールができます。 tarball。http://bioruby.org/archive/bioruby-1.2.0.tar.gz CVSから。cvs -d :pserver:cvs@code.open-bio.org:/home/repository/bioruby checkout bior…

2007-12-25 に神戸大学で開催されるRuby/Rails勉強会＠関西-21にて、BioRuby開発者の後藤さんによる「BioRubyと生命情報解析」の発表があるそうです。 「BioRubyと生命情報解析」 by ngoto さん概要 BioRubyはバイオインフォマティクス（生物情報学）の解析…

Bioinformatics や生物学のためのアプリケーションにつかえる Ruby on Rails プラグインのための公開SubversionレポジトリーをRubyForge.orgではじめました。BioRuby Rails Plugins です。 http://rubyforge.org/projects/bioruby-annex/ そこで、いままで R…

タンパク質知識ベース UniProt/SwissProt を ActiveRecord でモデル化してみました．ActiveRecord は Ruby on Rails を構成する O/R マッパーです．ActiveRecord でどのようにして UniProt のエントリをモデル化の一例を解説します． モデル設計 UniProt/Swi…

Mac OS X 用のパッケージ管理プロジェクト Fink の bioruby-rb18 が bioruby-1.0 になりました． Fink - Package Database - Package bioruby-rb18 (Bioinformatics environment for ruby) Fink - Home

MAURICIO HERRERA CUADRAさんが FreeBSD ports/biology/ruby-bio のバージョンを 1.0.0 に更新しました． [BioRuby] FreeBSD port [ports] Index of /head/biology/ruby-bio http://www.arareko.net/blog/2006/04/bioruby-port-updated.html Mauricio Herrer…

BioRuby CVS に Ensembl ゲノムブラウザーのクライアント lib/bio/io/ensembl.rb をコミットしました． http://code.open-bio.org/cgi-bin/viewcvs/viewcvs.cgi/bioruby/lib/bio/io/ensembl.rb?rev=1.1&cvsroot=bioruby&content-type=text/vnd.viewcvs-marku…

2006/02/24 に品川で開催される平成17年度上期未踏ソフトウェア創造事業 千葉PM成果報告会で BioRuby/ChemRuby の成果報告があります． 開催日 2006年02月24日(金) 10:00 - 17:30 場所 株式会社 電通国際情報サービス 品川本社ホール 参加費用 無料 未踏千葉…

BioRuby 0.7.1 がリリースされました． BioRuby http://open-bio.org/pipermail/bioruby/2006-January/000171.html http://cvs.open-bio.org/cgi-bin/viewcvs/viewcvs.cgi/bioruby/ChangeLog?rev=1.48&cvsroot=bioruby&content-type=text/vnd.viewcvs-markup…