統合データベース講習会 AJACS4 蝦夷

2008/08/29に北大で開催された統合データベース講習会 AJACS4 蝦夷で実習を行いました。

30 人ほどの学部学生、大学院生から外部の研究員のからまで30名以上が参加されました。

担当した実習は、AJACS蝦夷/講習内容/part3 - MotDB と AJACS蝦夷/講習内容/part4 - MotDB です。

part 3 では、Ensembl ゲノムブラウザを軸にして、遺伝子構造アノテーション、機能アノテーション、それらに関連したデータベースについて紹介しました。とくに、データとビューの違いを意識して紹介しました。

自習時間に、「beta-actinが既知の遺伝子座にみつからない」という質問がありました。これは良い質問です。Ensembl は Ensembl 遺伝子のブラウザなので、既知の遺伝子がすべてのっているわけではありません。ニュースにでるような遺伝子のゲノム座標を高頻度に更新し、DASで提供するデータベースがあると良いかもしれません。

part 4 では、遺伝子機能アノテーションに関係したツールと統合データベースプロジェクトのサービスを紹介しました。今日のおすすめは、CC-BY 2.1 で再利用のできる生物アイコンとREST APIが好評な統合ウェブサービスです。

実習の始めに、どんな方が参加しているかを知るために挙手をしていただいて簡単なアンケートをとりました。

これ以外にも実習中に思いついていくつか挙手でアンケートをとってます。「ソーシャルブックマークを知っている人？」は 0 で、「RSSリーダーを使っている人？」は 2 でした。つまり、ふだんからインターネットを活用していないような層だといえます。

講習全体のアンケートでは、担当した講習で提供した内容と参加者のニーズとのずれが現れています。今後の反省材料にしていきたいです。