中尾光輝、Kazusa API - ウェブサービスAPIを中規模公開データベースに追加する事例として
d:id:nakao_mitsuteru:20070307:p1で告知していた、東京大学医科学研究所で開催された「生物情報の相互運用性 2007」にて30分の発表をしてきました．
- 中尾光輝、Kazusa API - ウェブサービスAPIを中規模公開データベースに追加する事例として
- かずさディー・エヌ・エー研究所で公開されているゲノム配列やゲノムアノテーションなどのリソースの、所内／所外からの再利用性を向上する目的でウェブサービスAPIを開発している。公開データベースへのウェブサービスの付加の事例として述べたい。
質問
- 計算に時間のかかる場合のAPIはどうするのか？→そのような計算は研究員が自然言語でテクニカルスタッフに指示していることが多い。自分ならそのような場合はAPIを利用しないでデータをローカルにおいて計算してしまう。
- 逆に質問なのですが、SOAPの枠組みで数日かかる計算ってどうします？→計算結果のURLを返すかメールで返す。勝手にpollingする。→SOAPの枠組み外ですね。
全発表者のトークはVGA 30fpsのMPEG4で録画したので、興味のある方は連絡ください。
- 菅原先生による「開催のあいさつ」
- map, wrap, mashup
- タブレットPC
- 片山さんによる「相互運用性を向上させるサービス構築用テンプレートの開発」
- Daron. M. Standleyさんによる「Web Services at the Protein Data Bank Japan (PDBj)」
- xPSSSの開発者
- 重本さんによる「Tavernaを用いたワークフロー構築」は、はじめてのTaverna的デモ
- 会議直前にTavernaがJavaのライブラリをネットインストールしはじめて大変そうだった
- 結局カスタムフィルターだらけに、という現状
- カスタムフィルターはbeanshellで
- 70ページくらいのマニュアルの日本語版が近日公開へ（！）
- 藤間 淳さんによる「知識メディア技術を用いたWeb情報のアドホックな連携統合」
- インテリジェントパッドの中の人だった。懐かしい
- C3W, Clipping, Connecting, and Cloning the Web (Fujima, 2004)
- 任意のウェブアプリのフォームを取り出して、繋ぐ
- 製品は日立ソフトから？（未確認情報）
- バイオインフォマティクスはフォーマット多すぎ
- 小長谷明彦さんによる「Webサービスを利用したバイオインフォマティクスワークフローの自動生成を目指して」
- Prologでワークフロー自動生成。「Tavernaは既存のワークフローを利用するには悪くないけど、ワークフローを考えるのは大変」
- KONALOG
- ファイルフォーマットが多すぎてパースエラーでフローが止まる
- バイオインフォマティクスはフォーマット多すぎ
- 荒川和晴さんによる「IABにおけるソフトウェアリソースの紹介：G-languageとE-Cell」
- 宮崎 智さんによる「バイオデータベースソムリエシステムの構築」
- JabionのBio database showcase の中の人
- http://www.ps.noda.tus.ac.jp/biometadb/
- 「GenBankというデータベースは存在しません！あるのはNCBI Nucleotideです！！」
- 荒木 次郎さんによる「研究支援セマンティックWebサービスに向けた、文献からのバイオインフォ手法の収集・整理」
- 菅原先生による閉会の辞
- 「PS3でなくWiiを買うべきだと理解した」
- Google trends による Web Service, Bioinformatics and Semantic web
- 検索元はほとんどインド
- ゆるやかな下降傾向
- 反省会
- プレゼンに音をつかっていきたい
